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공단은 남녀평등고용에 적극 동참하는 기관으로, 채용은 물론 입사 후 승진 및 배치 등의 모든 고용 조건과 절차 등에서 남녀가 동등하게 경쟁하도록 하고 있습니다. 또한, 현재 공단은 기획, 인사, 회계, 평가업무는 물론 선박검사, 안전운항관리, 기술개발 연구 등의 전문분야에 여성인력을 배치하고 있습니다.
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공단 근무지는 본사(세종특별자치시)와 18개(부산, 인천, 동해, 보령, 태안, 당진, 군산, 목포, 고흥, 완도, 포항, 창원, 통영, 사천, 제주, 울산, 중부, 여수) 지사 등에서 순환근무를 원칙으로 하고 있으나, 희망근무지 및 연고지에 근무할 수 있도록 최대한 배려하고 있습니다. (운항관리자의 근무지는 세종, 부산, 인천, 동해, 보령, 군산, 목포, 여수, 완도, 포항, 통영, 제주 지역입니다.)